建筑施工总承包三级资质与环保工程专业承包三级资质是两种不同的建筑企业资质，它们在业务范围、申请条件和市场应用方面存在显著差异。

首先，从业务范围来看，建筑施工总承包三级资质主要涵盖土木工程、建筑工程、线路管道设备安装工程等领域，而环保工程专业承包三级资质则专注于环境污染治理、生态保护与修复等环境保护领域。这意味着，建筑施工总承包三级企业在承接工程项目时，需要考虑到更多的施工内容和细节，而环保工程专业承包三级企业在提供服务时，更侧重于环保技术和措施的实施。

其次，申请条件也是两者的主要差异之一。建筑施工总承包三级资质的申请者需要具备一定的资产规模、人员配置和技术装备等方面的要求，而环保工程专业承包三级资质的申请者则需要提供相应的环保专业知识和技术能力证明。此外，建筑施工总承包三级资质的申请者还需要通过相关部门的审查和认证，而环保工程专业承包三级资质的申请者则需要通过环保部门的审批和备案。

最后，从市场应用角度来看，建筑施工总承包三级资质的企业通常承接各种规模的建筑工程项目，市场需求量大；而环保工程专业承包三级资质的企业则更多地服务于政府和企业，市场需求相对较小。然而，随着国家对环境保护的重视程度不断提高，环保工程专业承包三级资质的市场前景逐渐变得广阔，特别是在城市基础设施建设、工业园区环境治理等方面具有较大的发展潜力。

综上所述，建筑施工总承包三级资质和环保工程专业承包三级资质各有特点和优势。对于建筑企业来说，选择哪种资质取决于自身的发展战略、市场需求和资源配置等因素。而对于环保企业而言，环保工程专业承包三级资质则是其拓展环保市场的重要途径。